También el Nuevo Estadio Los Pajaritos, de Soria, se estrenó como campo de Primera. Siguiendo un sistema de liga, los veinte equipos se enfrentaron todos contra todos en dos ocasiones -una en campo propio y otra en campo contrario- sumando un total de 38 jornadas. Como en temporadas precedentes, camiseta japon futbol constaba de un grupo único integrado por veinte clubes de toda la geografía española. La Primera División de España 1999-00 fue organizada por la Liga Nacional de Fútbol Profesional (LFP), aunque la Real Federación Española de Fútbol fue la responsable de la justicia deportiva y de designar a los árbitros de cada encuentro.